בזמן כהונתו של הקיסר אוגוסטוס, קיבל הורדוס במתנה את אזורי הבשן והגולן, והקים במקום מקדש לכבודו. בנו, הורדוס פיליפוס, אשר ירש את השטח בצפון הארץ, ייסד בפניאס את בירת ממלכתו וקרא לה : "קיסריה פיליפי", קיסריה של פיליפוס. העיר המשיכה להיות בירת הממלכה גם בימי אגריפס השני (המאה הראשונה לספירה), שהקים במקום ארמון פאר גדול במיוחד, מקדשים ובתי מרחץ.
בראשית ימיה של הנצרות התרחש כאן, לפי המסורת, אחד האירועים המשמעותיים. ישו כינס במקום את תלמידיו ושאל אותם כיצד מתייחסים אליו האנשים, ומה אומרים עליו? שמעוןפטרוס היה היחידי שענה: "אתה המשיח, בןאלהים חיים!". בתגובה, הכתיר ישו את שמעוןפטרוס להיות בכור תלמידיו אשר ימשיך את דרכו אחריו, ונתן לו את מפתחות השמיים. פטרוס נחשב לראשון האפיפיורים, וסמל המפתחות המקודשים מופיע על דגל הוותיקן עד היום.