האתר נבי סמואל, המתנשא לגובה של 904 מטרים מעל פני הים, נקשר לדמותו של שמואל הנביא, שפעל באזור בראשית תקופת המלוכה. בשל גובהו זוהה המקום בטעות כמצפה, המוזכרת כעיר בה פעל שמואל הנביא "וישפט שמואל את בני ישראל במצפה" (שמואל א', ז', ו'). כיום מזוהה מצפה עם הכפר אנצבה הסמוך, ולא בנבי סמואל, וזהו הזיהוי המקובל של העיר.
החל מהמאה השישית לספירה, זיהתה המסורת הנוצרית את המקום כאתר קבורתו של שמואל הנביא. זיהוי זה התקבל גם בקרב היהודים, למרות שבתנ"ך נכתב כי שמואל נקבר ברמה, עיר הולדתו: "ושמואל מת ויספדו? לו? כל ישראל ויקברהו? ברמה ובעירו" (שמואל א', כ"ח, ג'). כיום מזוהה רמה עם הכפר ארם, הנמצא בנפת רמאללה. גם המוסלמים אימצו את מסורת קברו של שמואל הנביא, וכבר במאה העשירית מזכיר הגיאוגרף המוסלמי הירושלמי אלמקדסי את הכפר "דיר צמויל" על שם הנביא שמואל, הנמצא בצפון ירושלים. מאז ימי הביניים עולים יהודים לקברו של שמואל הנביא ביום כ"ח אייר, יום השנה למותו.