מדבר יהודה וים המלח, הם תוצר ישיר של השבר הסוריאפריקני. בעקבות השבר נותרו המדבר והים "כלואים" בשטח נמוך מאוד, בין הרי רמאללה, ירושלים והרי חברון במערב לבין רמת מואב ואדום שממזרח. ענני הגשם המגיעים מן הים התיכון, נעים מזרחה לעבר שדרת ההר המרכזית של ישראל. תוך כדי עלייתם אל קו פרשת המים הם מתעבים בשל התקררות האוויר בגובה, ומורידים משקעים לאורך הדרך.
ברגע שחוצים העננים את קו פרשת המים, קו רמאללה-ירושלים-חברון, הם יורדים ירידה תלולה של כ-1,200 מטרים. ירידה זו גורמת להם להתחמם, ורסיסי המים המזעריים שנותרו בהם מאבדים את יכולת העיבוי. כאשר מגיעים העננים לים המלח, הם כמעט ואינם מסוגלים להוריד גשמים. ההתרוממות של רמת מואב ואדום ממזרח לים המלח, מאלצת את העננים לטפס שוב, הם מתקררים ומתעבים בשנית, ומורידים את יתרת המים שנותרה בהם. כך נוצר מדבר יהודה, מדבר מקומי, רצועה צחיחה הנמצאת בתוך איזור לח וגשום.